La Junta Directiva, elegida por sufragio universal por todos los hermanos con derecho a voto, es la encargada de regir el gobierno de la Hermandad y velar por la custodia de los bienes de la misma.

La Junta Directiva se renueva según el II Reglamento Interno de la Hermandad del Santísimo Cristo de las Misericordias, aprobado en junio de 2015, cada cuatro años. La actual Junta Directiva es el resultado de las elecciones celebradas en septiembre de 2015.